叶片区分：石菖蒲叶为深绿色，长度适中；水菖蒲叶颜色浅，长度长。根部差异：石菖蒲形状为扁圆柱形，表皮颜色较深；水菖蒲形状较厚，表皮颜色略浅。花卉区分：前者为三棱形，后者。

1、叶片不同：

菖蒲的叶子颜色为深绿色，长度约20至50厘米，从底部对折，叶脉平行分布，略有隆起。

菖蒲叶颜色较浅，长度延伸较长，约50至120cm。

二、根系不同：

菖蒲根形扁圆柱形，弯曲点多，长3-20cm，直径0.3-1cm，表面颜色较深，为棕褐色或灰棕色。

菖蒲的形状比前者厚，分枝少，直径约1-1.5厘米，表面颜色略浅，最浅可偏白色。

三、不同的花：

石菖蒲花呈三棱形，颜色为黄绿色或黄白色，花期约为2月份。

水菖蒲花形状较平，花期为6月至9月，集中在春秋两季。